Diferenzas

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--- centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2:repositorio [2013/05/14 13:21] – [Software] diego.rodriguez
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-===== Repositorio de documentación del clúster HPC ctcomp2 =====
-(Volver a la [[centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2|Guía de usuario del clúster HPC ctcomp2]])
-<note important>Under continuous construction...</note>
-==== Hardware ====
-  * 8 servidores blade HP Proliant BL685c G7
-    * 4x AMD Opteron 6262HE (16 cores, 1.6GHz, 16MB L3)
-  * 2 switches 10Gb dúales: Blade HP 6120xg
-  * (**Exclusivos iSCSI**) 2 switches 1Gb: HP GbE2c Layer 2/3 Ethernet Blade
-^ HP ProLiant BL685c G7 Server Blade | [[http://h20000.www2.hp.com/bizsupport/TechSupport/DocumentIndex.jsp?lang=en&cc=us&taskId=101&prodClassId=-1&contentType=SupportManual&docIndexId=64180&prodTypeId=3709945&prodSeriesId=4132829|HP manuals]] |
-^::: | [[http://h10010.www1.hp.com/wwpc/es/es/sm/WF06a/3709945-3709945-3328410-3722793-3722793-4132829.html?dnr=1 | Blade de servidor HP ProLiant BL685c G7- Especificaciones]] |
-^::: | [[http://h20000.www2.hp.com/bizsupport/TechSupport/DocumentIndex.jsp?lang=en&cc=us&taskId=101&prodClassId=-1&contentType=SupportManual&docIndexId=64180&prodTypeId=3709945&prodSeriesId=1844065|HP BladeSystem c7000 Enclosures]] |
-^ Procesador AMD Opteron 6262 HE  | [[http://www.amd.com/es/products/server/processors/6000-series-platform/6200/Pages/6200-series-processors.aspx|Procesadores AMD Opteron™ Serie 6200]] |
-^ ::: | {{:centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2:amd_opteron_6000_comparison.pdf|}} |
-^ HP 6120XG Ethernet Blade Switch | [[http://h18006.www1.hp.com/products/blades/components/ethernet/6120xg/index.html|HP specifications]] |
-==== Software ====
-^ GCC      | [[http://gcc.gnu.org/onlinedocs/gcc-4.7.2/gcc/| Manual GCC 4.7.2]] |
-^ :::      | [[http://gcc.gnu.org/onlinedocs/gcc-4.7.2/libgomp/|GCC + OpenMP]] |
-^ JAVA     | [[http://www.java.com/es/about/]] |
-^ :::      | [[#Tamaño del heap de JAVA]] |
-^ Python   | [[http://www.python.org/doc/]] |
-^ :::      | [[#Instalar/actualizar/desinstalar paquetes Python]] |
-^ MATLAB   | [[http://www.mathworks.es/products/matlab/examples.html]] |
-^ R        | [[http://cran.r-project.org/index.html]] |
-^:::       | [[#Instalar paquetes R]]|
-^ ACML     | [[http://developer.amd.com/tools/cpu-development/amd-core-math-library-acml/]] |
-^ FFTW     | [[http://www.fftw.org/#documentation| Documentación oficial]] |
-^ Open MPI | [[http://www.open-mpi.org/doc/]] |
-^ MPICH    | [[http://www.mpich.org/documentation/guides/]] |
-==== Software (administración) ====
-^ Modules    | [[http://modules.sourceforge.net/]] |
-^ PBS/TORQUE | [[http://www.adaptivecomputing.com/products/open-source/torque/]] |
-^ CLUES      | [[http://www.grycap.upv.es/clues/es/index.php]] |
-===== Instalar paquetes R =====
-Ejemplo de [[inv:r|instalación]] del paquete ''nnet'' en el ''$HOME'' de usuario del clúster ''ctcomp2''. Para evitar potenciales problemas, se recomienda realizar la instalación de paquetes en unha __sesión //interactiva// en el ''frontend''__.
-  - Crear un directorio ''~/libR'':<code>
-mkdir ~/libR
-</code>
-  - Iniciamos una [[centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2#Ejecuciones interactivas|sesión interactiva]]:<code>
-qsub -I -q interactive
-</code>
-  - Arrancar el entorno R:<code>
-module load R
-R
-</code>
-  - Ejecutar el siguiente comando dentro de R:<code>
-install.packages("nnet",lib="~/libR/", repos="http://cran.es.r-project.org/")
-</code>
-  - Para usar un paquete instalado en ''~/libR/'', ejecutar dentro de R:<code>
-library("nnet", lib.loc="~/libR/")
-</code>
-===== Instalar/actualizar/desinstalar paquetes Python =====
-En principio, es posible instalar cualquier paquete presente en el [[http://pypi.python.org/pypi|índice de paquetes de python]]. A continuación mostramos un ejemplo de [[inv:python:pip|instalación/actualización/desinstalación]] del paquete ''pywavelets'' en el ''$HOME'' de usuario del clúster ''ctcomp2''. Para evitar potenciales problemas, se recomienda realizar la instalación de paquetes en una __sesión //interactiva// en el ''frontend''__.
-==== Instalación ====
-Ejecutar el siguiente comando en bash:
-<code>
-pip install --install-option="--user" pywavelets
-</code>
-==== Actualización ====
-Ejecutar el siguiente comando en bash:
-<code>
-pip install --upgrade pywavelets
-</code>
-==== Desinstalación ====
-Ejecutar el siguiente comando en bash:
-<code>
-pip uninstall pywavelets
-</code>