Repositorio de documentación del clúster HPC ctcomp2

(Volver a la Guía de usuario del clúster HPC ctcomp2)

• 8 servidores blade HP Proliant BL685c G7
  • 4x AMD Opteron 6262HE (16 cores, 1.6GHz, 16MB L3)
• 2 switches 10Gb dúales: Blade HP 6120xg
• (Exclusivos iSCSI) 2 switches 1Gb: HP GbE2c Layer 2/3 Ethernet Blade

Ejemplo de instalación del paquete nnet en el $HOME de usuario del clúster ctcomp2. Para evitar potenciales problemas, se recomienda realizar la instalación de paquetes en unha sesión interactiva en el frontend.

1. Crear un directorio ~/libR:

   mkdir ~/libR

2. Iniciamos una sesión interactiva:

   qsub -I -q interactive

3. Arrancar el entorno R:

   module load R
   R

4. Ejecutar el siguiente comando dentro de R:

   install.packages("nnet",lib="~/libR/", repos="http://cran.es.r-project.org/")

5. Para usar un paquete instalado en ~/libR/, ejecutar dentro de R:

   library("nnet", lib.loc="~/libR/")

En principio, es posible instalar cualquier paquete presente en el índice de paquetes de python. A continuación mostramos un ejemplo de instalación/actualización/desinstalación del paquete pywavelets en el $HOME de usuario del clúster ctcomp2. Para evitar potenciales problemas, se recomienda realizar la instalación de paquetes en una sesión interactiva en el frontend.

Ejecutar el siguiente comando en bash:

pip install --install-option="--user" pywavelets

Ejecutar el siguiente comando en bash:

pip install --upgrade pywavelets

Ejecutar el siguiente comando en bash:

pip uninstall pywavelets