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Computación de Altas Prestaciones (HPC)
Acceso al cluster y copia de archivos
El acceso se hace a través de una máquina que actúa como frontend a través de ssh. Para más información, consulta cómo acceder al cluster y copiar ficheros.
Antes de acceder por primera vez, lee atentamente la sección de introducción que sigue para entender cómo funciona el sistema. También encontrarás información que te servirá de referencia más adelante.
Introducción
Funcionamiento básico de un clúster de computación
El Cluster de Computación de Altas Prestaciones (HPC, High Performance Computing) proporciona a los investigadores una una infraestructura compartida que sirve como plataforma adecuada a la ejecución de procesos computacionalmente costosos.
Un cluster de computación se compone de un conjunto de nodos interconectados mediante una red dedicada que puede actuar como un único elemento computacional. Esto proporciona una gran potencia, permitiendo la ejecución de trabajos paralelos muy grandes o muchas ejecuciones pequeñas de forma concurrente.
Un sistema de gestión de colas (SGC) es un software que planifica la ejecución de los trabajos que se encuentra habitualmente en los sistemas de este tipo, ya que permite una gestión eficiente de los recursos con múltiples usuarios. En este clúster está instalado el sistema PBS/TORQUE.
La dinámica de funcionamiento de un sistema de este tipo es la siguiente:
- El usuario solicita la ejecución de una tarea1) con unos recursos determinados.
- En función de la prioridad de la cola de sistema (a menores recursos necesarios, mayor prioridad) y de la disponibilidad de los recursos en el sistema, la tarea se enviará a uno o varios de los nodos computacionales. Al terminar la ejecución, se devolverá la salida generada.
Lo habitual es que la ejecución tenga que esperar en la cola hasta que los recursos estén disponibles y preparados. Además, resulta imposible realizar así ejecuciones de manera interactiva4).
Descripción del hardware
El clúster ctcomp2 es un clúster heterogéneo, formado por 8 nodos computacionales HP Proliant BL685c G7, 5 nodos Dell PowerEdge M910 y 5 nodos Dell PowerEdge M620.
| Nombre del nodo | Modelo | Núcleos por nodo (NUMAs, Sockets, Cores/socket, Threads/core) | Memoria RAM |
|---|---|---|---|
| node1-7 | HP Proliant BL685c G7 | 64 (8, 4, 8, 2) | 256GB5) |
| inode11-15 | Dell PowerEdge M910 | 64 (4, 4, 8, 1) | 64GB |
| inode16-20 | Dell PowerEdge M620 | 32 (2, 2, 8, 2) | 64GB |
Internamente los nodos computacionales están conectados entre sí a través de varias redes 10 GbE dedicadas. La conexión desde el exterior es de 1Gb.
Casi todos los nodos, a excepción de node1 e inode20 se apagan cuando no se están utilizando durante un rato, lo que podría causar retrasos de varios minutos en la cola aunque el cluster aparentemente esté desocupado.
Descripción del software
El sistema operativo es Debian GNU/Linux 8.6 (jessie).
El sistema de colas que gestiona los trabajos es PBS/Torque, apoyado por CLUES para mejorar la gestión de energía.
El sistema permite compilar y ejecutar código en C++, Java, Python, R, Octave… Puedes consultar el catálogo completo de software disponible en el siguiente enlace: Información del software disponible
Sistema de colas
El sistema de colas tiene cuatro colas de entrada y ocho colas del sistema. Un usuario envía un trabajo a una cola de entrada y, en función de los recursos solicitados, se envían a una u otra cola de sistema.
Para enviar un trabajo al sistema de colas, se utiliza el comando qsub. Por defecto se envía a la cola de entrada batch. Si el clúster se encuentra muy saturado, puede ser interesante especificar la cola short o bigmem.
| Cola | Número máximo de trabajos encolados6) | Características | Ejemplo |
|---|---|---|---|
batch | 256 | Es la cola por defecto. | |
short | 256 | Cola especial con mayor prioridad para trabajos de como máximo 12 horas, 16 procesos, 5 nodos y 32GB | qsub -q short trabajo.sh |
bigmem | 8 | Otra cola especial con mayor prioridad para trabajos de, específicamente, 64 procesos y un nodo. Es obligatorio especificar esos recursos (nodes=1:ppn=64). | qsub -q bignmem -l nodes=1:ppn=64 trabajo.sh |
interactive | 1 | Cola especial para trabajar de forma interactiva. Debe llamarse de forma especial. | qsub -q interactive -I |
Los recursos que se pueden solicitar y que determinarán la cola del sistema utilizada son:
- El número de nodos
- El número de núcleos por nodo
- El tiempo de ejecución
La memoria máxima asignada depende de la cola del sistema que se utilice finalmente, así que estará determinada por el resto de parámetros.
Los recursos pueden solicitarse de dos formas: como comentarios al inicio del script, o con el parámetro -l (que tiene precedencia). Puedes ver ejemplos de trabajos para ver cómo se especifican estos recursos.
Comprueba los límites existentes en las colas del sistema, para determinar la mejor elección de recursos posible:
| Límites | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| Cola | Núcleos7) | Nodos8) | Memoria (GB)9) | Trabajos/usuario10) | Tiempo máximo (horas) | Prioridad11) |
np1 | 1 | 1 | 1,99 | 300 | 672 | 6 |
np2 | 2 | 2 | 3,75 | 150 | 192 | 5 |
np4 | 4 | 4 | 7,5 | 75 | 192 | 4 |
np8 | 8 | 5 | 15 | 40 | 192 | 4 |
np16 | 16 | 5 | 31 | 20 | 192 | 3 |
np32 | 32 | 5 | 63 | 10 | 288 | 2 |
np64 | 64 | 5 | 127 | 5 | 384 | 1 |
parallel | 32-160 | 5 | 64 | 15 | 192 | 3 |
Puedes leer más sobre cómo preparar los trabajos para su envío al gestor de colas y cómo enviar y gestionar trabajos una vez enviados.
ppnnodes