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Catálogo de servicios del clúster HPC ctcomp2

Compiladores

GCC

http://gcc.gnu.org/
Versión	$ gcc --version gcc (Debian 4.7.2-5) 4.7.2
Módulo	- (nativo del sistema)

Java

http://www.java.com/es/download/
Versión	$ java -version java version "1.7.0_07" Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.7.0_07-b10) Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 23.3-b01, mixed mode)
Módulo	module load jdk
Versión	$ java -version java version "1.8.0_25" Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_25-b17) Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.25-b02, mixed mode)
Módulo	module load jdk/1.8.0_25

El tamaño del heap de JAVA está limitado al 25% del límite de memoria de la correspondiente cola y, en cualquier caso, con un tamaño máximo de 8 GB. Esta limitación garantiza que las aplicaciones JAVA no consuman más recursos de los asignados.

Los usuarios pueden utilizar otros tamaños de heap en sus trabajos si modifican, antes de ejecutar JAVA, el valor de la opción -Xmx de JAVA a través de la variable _JAVA_OPTIONS. Por ejemplo, si queremos que el heap tenga 16 GB, el comando sería:

export _JAVA_OPTIONS=-Xmx16777216K

<html>

</html>

Python

http://www.python.org/
Versión	$ python --version Python 2.7.3
Módulo	- (nativo del sistema)
Paquetes	En en sistema solo está instalado el sistema base: Los usuarios deben instalar otros paquetes en su `$HOME`

Es posible instalar cualquier paquete presente en el índice de paquetes de python. A continuación mostramos un ejemplo de instalación/actualización/desinstalación del paquete pywavelets en el $HOME de usuario del clúster ctcomp2. Para evitar potenciales problemas, se recomienda realizar la instalación de paquetes en una sesión interactiva en el frontend.

Si obtenemos un error:

Please install a more recent version first, using
'easy_install -U distribute'.

Debemos ejecutar el comando easy_install -U –user distribute, para actualizar en la base de datos en el espacio de usuario.

Instalación

Ejecutar el siguiente comando en bash:

pip install --install-option="--user" pywavelets

Actualización

Ejecutar el siguiente comando en bash:

pip install --upgrade pywavelets

Desinstalación

Ejecutar el siguiente comando en bash:

pip uninstall pywavelets

<html>

</html>

Librerías computacionales

MATLAB

http://www.mathworks.es/products/matlab/
Versión	R2011a
Versión	R2012a
Módulo	module load matlab/R2011a module load matlab/R2012a
Comentarios	Es posible que ejecuciones largas aparezca el siguiente warning: `Your MATLAB session has timed out. All license keys have been returned.` Aparentemente, este warning no afecta a las ejecuciones activas de MATLAB.

MATLAB emplea internamente, y de manera transparente al usuario, threads para paralelizar ciertas operaciones, por lo que se puede utilizar reservando varios núcleos computacionales dentro de un mismo nodo. Sin embargo, en las versiones instaladas no es posible controlar esta característica, por lo que MATLAB utiliza todos los recursos del nodo asignado, independientemente de los recursos solicitados. Para evitar posibles cancelaciones debido a un uso indebido de los recursos asignados, se recomienda a los usuarios utilizar el paralelismo implícito de MATLAB solo cuando se reserve en exclusividad un nodo del clúster. En cualquier otro caso, se recomienda solicitar únicamente un núcleo computacional y utilizar la opción -singleCompThread, que desactiva el paralelismo implícito de MATLAB para realizar una ejecución secuencial. En este ejemplo, el nombre del script es test.m.

#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=1,walltime=1:00:00
#PBS -N ej-MATLAB
cd $PBS_O_WORKDIR
module load matlab
matlab -r test -nodisplay -nojvm -singleCompThread
# -r:         indicar el fichero a ejecutar (sin .m)
# IMPORTANTE: incluir la orden quit al final del fichero
# -nodisplay: sin display X.
# -nosplash:  sin pantalla inicial (OPCIONAL)
# -nojvm:     sin entorno java (OPCIONAL)
# -singleCompThread: ejecuta MATLAB secuencialmente

Octave

http://www.mathworks.es/products/matlab/
Versión	3.6.2
Módulo	- (nativo del sistema)
Comentarios	En en sistema solo está instalado el sistema base: Los usuarios deben instalar otros paquetes en su `$HOME` (Información en la página de documentación)

R

http://cran.r-project.org/
Versión	2.15.2
	3.2.2
	3.3.1
Módulo	module load R/2.15.2 module load R/3.2.2 module load R/3.3.1
Paquetes	Solo está instalado el sistema base: Los usuarios deben instalar otros paquetes en su `$HOME`.

Cómo instalar paquetes R:

Ejemplo de instalación del paquete nnet en el $HOME de usuario del clúster ctcomp2. Para evitar potenciales problemas, se recomienda realizar la instalación de paquetes en unha sesión interactiva en el frontend.

Crear un directorio ~/libR:
```
mkdir ~/libR
```
Iniciamos una sesión interactiva:
```
qsub -I -q interactive
```
Arrancar el entorno R:
```
module load R
R
```

Ejecutar el siguiente comando dentro de R:

install.packages("nnet",lib="~/libR/", repos="http://cran.es.r-project.org/")

Para usar un paquete instalado en ~/libR/, ejecutar dentro de R:
```
library("nnet", lib.loc="~/libR/")
```

MOSES

http://www.statmt.org/moses/
Versión	2.1.1
Versión	3.0
Módulo	module load moses/2.1.1 module load moses3/3.0

ACML (AMD Core Math Library)

http://developer.amd.com/tools/cpu-development/amd-core-math-library-acml/
Versión	5.2.0_64 gfortran (compilador GCC)
Módulo	module load acml/5.2.0_64 module load acmlacml/5.2.0_64_fma4 module load acmlacml/5.2.0_64_mp module load acmlacml/5.2.0_64_mp_fma4
Módulo	Versión por defecto: `acml/5.2.0_64`
Comentarios	`mp`: multiprocessor `fma4`: fused multiply–add (FMA) operations (wikipedia) Versiones incompatibles (sólo uno de los módulos puede estar activo) El frontend no soporta FMA4

FFTW

http://fftw.org/
Versión	3.3.3
Módulo	module load fftw

<html>

</html>

WFDB

http://www.physionet.org/physiotools/wfdb.shtml
Versión	10.5.18
Módulo	module load wfdb

<html>

</html>

OpenCV

http://http://opencv.org/
Versión	2.4.11
Módulo	module load openCV/2.4.11

Liberías de paso de mensajes

Open MPI

http://www.open-mpi.org/
Versión	1.6.3
Módulo	module load openmpi

<html>

</html>

MPICH

http://www.mpich.org http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpi/mpich1-old/
Versiones	MPICH1 1.2.7p1 MPICH2 1.4.1 MPICH 3.0
Módulo	module load mpich/1.2.7p1 module load mpich/1.4.1 module load mpich/3.0

<html>

</html>

Simuladores

TCAD-ATLAS (Silvaco)

http://www.silvaco.com/products/device_simulation/atlas.html
Versión	2012
Módulo	module load silvaco-tcad

<html>

</html>

SENTAURUS (Synopsys)

http://www.synopsys.com/Tools/TCAD/Pages/default.aspx
Versiones	D_2010.03 y G_2012.06-SP1
Módulo	module load synopsys-sentaurus/D_2010.03 module load synopsys-sentaurus/G_2012.06-SP1

<html>

</html>

IC Design (CADENCE)

http://www.cadence.com/products/cic/Pages/default.aspx
Versiones	6.1.5 (2012-2013)
Módulo	module load cadence
Comentarios	Antes de arrancar `ocean` es necesario ejecutar `source /optct/cadence/2012-2013/lnx86/cadence.bash` y arrancar `ocean` dentro de un entorno de X simulado `xvfb-run -a -n 80 -s “-screen 0 640x480x16” ocean < script.ocn` (Información en la página de documentación)

Información del software disponible

Catálogo de servicios del clúster HPC ctcomp2

Compiladores

GCC

Java

Python

Instalación

Actualización

Desinstalación

Librerías computacionales

MATLAB

Octave

R

MOSES

ACML (AMD Core Math Library)

FFTW

WFDB

OpenCV

Liberías de paso de mensajes

Open MPI

MPICH

Simuladores

TCAD-ATLAS (Silvaco)

SENTAURUS (Synopsys)

IC Design (CADENCE)