Diferenzas
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| centro:servizos:hpc [2023/02/06 13:24] – [Sistema de colas (QOS)] fernando.guillen | centro:servizos:hpc [2024/10/07 13:28] (actual) – [CONDA] jorge.suarez | ||
|---|---|---|---|
| Liña 24: | Liña 24: | ||
| Para acceder al clúster, hay que solicitarlo previamente a través de [[https:// | Para acceder al clúster, hay que solicitarlo previamente a través de [[https:// | ||
| - | El acceso se realiza mediante una conexión SSH al nodo de login: | + | El acceso se realiza mediante una conexión SSH al nodo de login (172.16.242.211): |
| <code bash> | <code bash> | ||
| ssh < | ssh < | ||
| Liña 165: | Liña 165: | ||
| <code bash> | <code bash> | ||
| # Obtener miniconda | # Obtener miniconda | ||
| - | wget https:// | + | wget https:// |
| # Instalarlo | # Instalarlo | ||
| - | sh Miniconda3-py39_4.11.0-Linux-x86_64.sh | + | bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh |
| + | # Inicializar miniconda para el shell bash | ||
| + | ~/ | ||
| </ | </ | ||
| - | |||
| ===== Uso de SLURM ===== | ===== Uso de SLURM ===== | ||
| El gestor de colas en el cluster es [[ https:// | El gestor de colas en el cluster es [[ https:// | ||
| Liña 175: | Liña 176: | ||
| == Recursos disponibles == | == Recursos disponibles == | ||
| <code bash> | <code bash> | ||
| + | hpc-login2 ~]# ver_estado.sh | ||
| + | ============================================================================================================= | ||
| + | NODO | ||
| + | ============================================================================================================= | ||
| + | | ||
| + | | ||
| + | | ||
| + | | ||
| + | | ||
| + | | ||
| + | | ||
| + | | ||
| + | | ||
| + | | ||
| + | | ||
| + | | ||
| + | | ||
| + | | ||
| + | ============================================================================================================= | ||
| + | TOTALES: [Cores : 3/688] [Mem(MB): 270000/ | ||
| + | |||
| hpc-login2 ~]$ sinfo -e -o " | hpc-login2 ~]$ sinfo -e -o " | ||
| # Hay un alias para este comando: | # Hay un alias para este comando: | ||
| Liña 246: | Liña 268: | ||
| # Hay un alias que muestra solo la información más relevante: | # Hay un alias que muestra solo la información más relevante: | ||
| hpc-login2 ~]$ ver_colas | hpc-login2 ~]$ ver_colas | ||
| - | Name | + | Name |
| - | ---------- ---------- --------------- ----------- --------------------------- ----------- ------------- --------- ----------- | + | ---------- ---------- ------------------------------ ----------- -------------------- --------- ----------- |
| - | | + | |
| - | interactive | + | interacti+ |
| - | urgent | + | urgent |
| - | long 100 DenyOnLimit | + | long 100 gres/ |
| - | | + | |
| - | small 150 | + | admin 500 |
| - | admin 500 0.000000 | + | |
| + | short 150 | ||
| </ | </ | ||
| # Priority: es la prioridad relativa de cada cola. \\ | # Priority: es la prioridad relativa de cada cola. \\ | ||
| Liña 267: | Liña 290: | ||
| ==== Envío de un trabajo al sistema de colas ==== | ==== Envío de un trabajo al sistema de colas ==== | ||
| == Especificación de recursos == | == Especificación de recursos == | ||
| - | Por defecto, si se envía un trabajo sin especificar nada el sistema lo envia a la QOS por defecto (regular) y le asigna un nodo, una CPU y toda la memoria disponible. El límite de tiempo para la ejecución del trabajo es el de la cola (4 días y 4 horas). | + | Por defecto, si se envía un trabajo sin especificar nada el sistema lo envia a la QOS por defecto (regular) y le asigna un nodo, una CPU y 4 GB de RAM. El límite de tiempo para la ejecución del trabajo es el de la cola (4 días y 4 horas). |
| Esto es muy ineficiente, | Esto es muy ineficiente, | ||
| - %%El número de nodos (-N o --nodes), tareas (-n o --ntasks) y/o CPU por tarea (-c o --cpus-per-task).%% | - %%El número de nodos (-N o --nodes), tareas (-n o --ntasks) y/o CPU por tarea (-c o --cpus-per-task).%% | ||
| Liña 335: | Liña 358: | ||
| # Obtener acceso interactivo a un nodo (Pulsar Ctrl+D para terminar el acceso): | # Obtener acceso interactivo a un nodo (Pulsar Ctrl+D para terminar el acceso): | ||
| hpc-login2 ~]$ salloc -N1 | hpc-login2 ~]$ salloc -N1 | ||
| + | # Obtener acceso interactivo a un nodo DE FORMA EXCLUSIVA | ||
| + | hpc-login2 ~]$ salloc -N1 --exclusive | ||
| </ | </ | ||
| 3. SRUN \\ | 3. SRUN \\ | ||
| Liña 378: | Liña 403: | ||
| ## Ver el uso de recursos de un trabajo en ejecución: | ## Ver el uso de recursos de un trabajo en ejecución: | ||
| hpc-login2 ~]$ sstat < | hpc-login2 ~]$ sstat < | ||
| + | |||
| </ | </ | ||
| ==== Controlar la salida de los trabajos ==== | ==== Controlar la salida de los trabajos ==== | ||
| Liña 419: | Liña 445: | ||
| JOBID PARTITION | JOBID PARTITION | ||
| 6547 defaultPa | 6547 defaultPa | ||
| + | |||
| + | ## Ver estado de uso de las colas del cluster: | ||
| + | hpc-login2 ~]$ estado_colas.sh | ||
| + | JOBS PER USER: | ||
| + | -------------- | ||
| + | | ||
| + | | ||
| + | |||
| + | JOBS PER QOS: | ||
| + | -------------- | ||
| + | | ||
| + | long: 1 | ||
| + | |||
| + | JOBS PER STATE: | ||
| + | -------------- | ||
| + | | ||
| + | | ||
| + | ========================================== | ||
| + | Total JOBS in cluster: | ||
| </ | </ | ||
| Estados (STATE) más comunes de un trabajo: | Estados (STATE) más comunes de un trabajo: | ||