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centro:servizos:hpc:acceso_al_cluster [2017/06/16 13:58] – edición externa 127.0.0.1 | centro:servizos:hpc:acceso_al_cluster [2018/12/17 17:26] (actual) – [Copia de arquivos] jorge.suarez |
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====== Acceso al cluster y copia de archivos ====== | ====== Acceso ao clúster e copia de arquivos ====== |
===== Acceso al cluster ===== | ===== Acceso ao clúster ===== |
El acceso de los usuarios al clúster se realiza a través de una máquina virtual independiente denominada //frontend//, con unas prestaciones limitadas y únicamente preparado para gestionar ficheros y enviar trabajos al sistema de colas del clúster. **No está permitida la ejecución de código en esta máquina**. | O acceso dos usuarios ao clúster realízase a través dunha máquina virtual independente denominada //frontend//, cunhas prestacións limitadas e unicamente preparado para xestionar ficheiros e enviar traballos ao sistema de colas do clúster. **Non está permitida a execución de código nesta máquina**. |
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| O acceso realízase mediante //ssh// co usuario do CiTIUS. Para poder acceder precisas ter o servizo activado previamente. Comproba que o teñas activado en [[https://citius.usc.es/me]]. |
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El acceso se realiza mediante //ssh// con el usuario del CITIUS. Para poder acceder necesitas tener el servicio activado previamente. Comprueba que lo tengas activado en [[https://citius.usc.es/me]]. | |
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<code bash> | <code bash> |
</code> | </code> |
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Se puede añadir también el argumento ''-X'' para activar la redirección de las X y poder ejecutar aplicaciones que requieran modo gráfico. | Pódese engadir tamén o argumento ''-X'' para activar a redireción das X e poder executar aplicacións que requiran modo gráfico. |
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===== Copia de archivos ===== | ===== Copia de arquivos ===== |
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Los sistemas de ficheros del clúster son independientes, así que es necesario copiar todos los ficheros necesarios para la ejecución del programa (por ejemplo, el código fuente o los ficheros de entrada). | Os sistemas de ficheiros do clúster son independentes, así que é preciso copiar todos os ficheiros precisos para a execución do programa (por exemplo, o código fonte ou os ficheiros de entrada). |
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No se realizan backups de estos directorios, por lo que se deben poner a buen recaudo los archivos importantes y **no dejarlos almacenados en el clúster** por un periodo prolongado. | Non se realizan copias de seguridade destes directorios, polo que deben pórse a recado os arquivos importantes e **non deixalos almacenados no clúster** por un período prolongado. |
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| O usuario dispón dos seguintes directorios para situar os ficheiros relacionados cos seus traballos: |
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| * ''/home/local/nome.apelido/''\\ O ''$HOME'' efectivo do usuario e é accesible por todos os nodos e o ''frontend''. Por defecto, será o directorio de referencia nas execucións dos códigos nos nodos computacionais. |
| * ''/sfs/nome.apelido/''\\ Tamén está accesible por todos os nodos e o ''frontend''. Debe empregarse coma espazo auxiliar durante a execución de traballos, para o almacenamento de ficheiros temporais grandes. Para poder utilizarse debe solicitarse a creación dun directorio aos administradores. |
| * ''/scratch/'' \\ Directorio local a cada un dos nodos para o almacenamento temporal local durante a execución dunha tarefa. Non é visible dende o resto de nodos nin dende o frontend. Todos os usuarios poden ler e escribir en calquera parte, polo que se recomenda traballar nun subdirectorio e non no directorio principal. O contido bórrase regularmente. |
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| Para copiar arquivos entre o clúster e o equipo do usuario, pódese utilizar o comando ''scp''. |
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El usuario dispone de los siguientes directorios para ubicar los ficheros relacionados con sus trabajos: | |
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* ''/home/local/nombre.apellido/''\\ El ''$HOME'' efectivo del usuario y es accesible por todos los nodos y el ''frontend''. Por defecto, será el directorio de referencia en las ejecuciones de los códigos en los nodos computacionales. | |
* ''/sfs/nombre.apellido/''\\ También está accesible por todos los nodos y el ''frontend''. Debe utilizarse como espacio auxiliar durante la ejecución de trabajos, para el almacenamiento de ficheros temporales grandes. Para poder utilizarse debe solicitarse la creación de un directorio a los administradores. | |
* ''/scratch/'' \\ Directorio local a cada uno de los nodos para el almacenamiento temporal local durante la ejecución de una tarea. No es visible desde el resto de nodos ni desde el frontend. Todos los usuarios pueden leer y escribir en cualquier parte, por lo que se recomienda trabajar en un subdirectorio y no en el directorio principal. El contenido se borra regularmente. | |
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Para copiar archivos entre el clúster y el equipo del usuario, se puede utilizar el comando ''scp''. | |
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<code bash> | <code bash> |
scp -P 1031 [-r] <origen> <destino> | scp -P 1301 [-r] <origen> <destino> |
</code> | </code> |
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Los argumentos de este comando son: | Os argumentos deste comando son: |
* ''-r'' (//opcional//) Es un argumento que se utiliza cuando ''origen'' es un directorio, e indica que se debe copiar de manera recursiva el contenido del directorio. Si no se especifica este argumento, solo se puede copiar archivo a archivo. | * ''-r'' (//opcional//) É un argumento que se emprega cando ''orixe'' é un directorio, e indica que se debe copiar de maneira recorrente o contido do directorio. Se non se especifica este argumento, só se pode copiar arquivo a arquivo. |
* ''<origen>'' Indica la ruta completa del fichero/directorio que se copiará. | * ''<orixe>'' Indica a ruta completa do ficheiro/directorio que se copiará. |
* ''<destino>'' Indica la ruta completa donde queremos ubicar la copia del fichero/directorio. | * ''<destino>'' Indica a ruta completa onde queremos situar a copia do ficheiro/directorio. |
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Ejemplos: | Exemplos: |
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<code bash> | <code bash> |
cluster$ scp -P 1031 nome.apelido@ctXXX.inv.usc.es:/datos/work/un.fichero ~/work/ | cluster$ scp -P 1301 nome.apelido@ctXXX.inv.usc.es:/datos/work/un.fichero ~/work/ |
cluster$ scp -P 1031 -r nome.apelido@ctXXX.inv.usc.es:/datos/work/directorio/ ~/work/ | cluster$ scp -P 1301 -r nome.apelido@ctXXX.inv.usc.es:/datos/work/directorio/ ~/work/ |
</code> | </code> |
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<code bash> | <code bash> |
equipo$ scp -P 1031 /datos/work/un.fichero nome.apelido@ctcomp2.inv.usc.es:~/work/ | equipo$ scp -P 1301 /datos/work/un.fichero nome.apelido@ctcomp2.inv.usc.es:~/work/ |
equipo$ scp -P 1031 -r /datos/work/directorio/ nome.apelido@ctcomp2.inv.usc.es:~/work/ | equipo$ scp -P 1301 -r /datos/work/directorio/ nome.apelido@ctcomp2.inv.usc.es:~/work/ |
</code> | </code> |
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Alternativamente, desde el equipo del usuario se pueden usar otros clientes de SFTP como //Winscp// o //Filezilla//. | Alternativamente, dende o equipo do usuario, pódense empregar outros clientes de SFTP como //Winscp// o //Filezilla//. |
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