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centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2:repositorio [2013/10/01 12:54] – [Instalar/actualizar/desinstalar paquetes Python] diego.rodriguez | centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2:repositorio [Unknown date] (actual) – eliminado - edición externa (Unknown date) 127.0.0.1 | ||
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Liña 1: | Liña 1: | ||
- | ===== Repositorio de documentación del clúster HPC ctcomp2 ===== | ||
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- | (Volver a la [[centro: | ||
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- | <note important> | ||
- | |||
- | ==== Hardware ==== | ||
- | |||
- | * 8 servidores blade HP Proliant BL685c G7 | ||
- | * 4x AMD Opteron 6262HE (16 cores, 1.6GHz, 16MB L3) | ||
- | * 2 switches 10Gb dúales: Blade HP 6120xg | ||
- | * (**Exclusivos iSCSI**) 2 switches 1Gb: HP GbE2c Layer 2/3 Ethernet Blade | ||
- | |||
- | |||
- | ^ HP ProLiant BL685c G7 Server Blade | [[http:// | ||
- | ^::: | [[http:// | ||
- | ^::: | [[http:// | ||
- | ^ Procesador AMD Opteron 6262 HE | [[http:// | ||
- | ^ ::: | {{: | ||
- | ^ HP 6120XG Ethernet Blade Switch | [[http:// | ||
- | |||
- | |||
- | ==== Software ==== | ||
- | |||
- | ^ GCC | [[http:// | ||
- | ^ ::: | [[http:// | ||
- | ^ JAVA | [[http:// | ||
- | ^ ::: | [[#Tamaño del heap de JAVA]] | | ||
- | ^ Python | ||
- | ^ ::: | [[# | ||
- | |||
- | ^ MATLAB | ||
- | ^ R | [[http:// | ||
- | ^::: | [[#Instalar paquetes R]]| | ||
- | ^ ACML | [[http:// | ||
- | ^ FFTW | [[http:// | ||
- | ^ WFDB | [[http:// | ||
- | |||
- | ^ Open MPI | [[http:// | ||
- | ^ MPICH | [[http:// | ||
- | |||
- | |||
- | |||
- | ==== Software (administración) ==== | ||
- | |||
- | ^ Modules | ||
- | ^ PBS/TORQUE | [[http:// | ||
- | ^ CLUES | [[http:// | ||
- | |||
- | |||
- | ===== Tamaño del heap de JAVA ===== | ||
- | |||
- | En ctcomp2 el tamaño del //heap// de JAVA está limitado al 25% del límite de memoria de la correspondiente cola y, en cualquier caso, con un **tamaño máximo de 8 GB**. Esta limitación garantiza que las aplicaciones JAVA no consuman más recursos de los asignados. | ||
- | |||
- | Los usuarios pueden utilizar otros tamaños de //heap// en sus trabajos si modifican, antes de ejecutar JAVA, el valor de la opción '' | ||
- | < | ||
- | export _JAVA_OPTIONS=-Xmx16777216K | ||
- | </ | ||
- | |||
- | Al modificar el tamaño del //heap// el usuario debe asegurarse, **bajo su responsabilidad**, | ||
- | |||
- | Los usuarios que ejecuten en sus trabajos una sola instancia de java (independientemente de los //threads// que ejecute) podrán aumentar el tamaño del //heap//, pero se recomienda que no sea un valor cercano al límite de memoria de la correspondiente cola. Si se ejecutan varias instancias de java, se recomienda ajustar adecuadamente el tamaño del //heap// para evitar cancelaciones. | ||
- | |||
- | |||
- | |||
- | ===== Instalar paquetes R ===== | ||
- | |||
- | Ejemplo de [[inv: | ||
- | |||
- | - Crear un directorio '' | ||
- | mkdir ~/libR | ||
- | </ | ||
- | - Iniciamos una [[centro: | ||
- | qsub -I -q interactive | ||
- | </ | ||
- | - Arrancar el entorno R:< | ||
- | module load R | ||
- | R | ||
- | </ | ||
- | - Ejecutar el siguiente comando dentro de R:< | ||
- | install.packages(" | ||
- | </ | ||
- | - Para usar un paquete instalado en '' | ||
- | library(" | ||
- | </ | ||
- | | ||
- | |||
- | ===== Instalar/ | ||
- | |||
- | En principio, es posible instalar cualquier paquete presente en el [[http:// | ||
- | |||
- | <note important> | ||
- | < | ||
- | ' | ||
- | </ | ||
- | |||
- | Debemos ejecutar el comando '' | ||
- | </ | ||
- | |||
- | == Instalación == | ||
- | Ejecutar el siguiente comando en bash: | ||
- | < | ||
- | pip install --install-option=" | ||
- | </ | ||
- | |||
- | == Actualización == | ||
- | Ejecutar el siguiente comando en bash: | ||
- | < | ||
- | pip install --upgrade pywavelets | ||
- | </ | ||
- | |||
- | == Desinstalación == | ||
- | Ejecutar el siguiente comando en bash: | ||
- | < | ||
- | pip uninstall pywavelets | ||
- | </ | ||
- | |||
- | |||
- | |||
- | ===== Instalar paquetes Octave ===== | ||
- | |||
- | En principio, es posible instalar cualquier paquete presente en el [[http:// | ||
- | |||
- | * Iniciamos una sesión '' | ||
- | octave | ||
- | </ | ||
- | * Definimos el lugar de instalación de los paquetes en el '' | ||
- | pkg prefix / | ||
- | </ | ||
- | * Invocamos al gestor de paquetes de Octave ('' | ||
- | pkg install -local -forge control | ||
- | pkg install -local -forge general | ||
- | pkg install -local -forge specfun | ||
- | pkg install -local -forge signal | ||
- | pkg install -local -forge image | ||
- | </ | ||
- | |||
- | * Para usar los paquetes instalados en una sesión de Octave, simplemente hai que invocarlos a través del gestor de paquetes de Octave:< | ||
- | pkg load image | ||
- | </ | ||
- | |||
- | ===== Ejecución de ocean (CADENCE) ===== | ||
- | |||
- | Ocean/ | ||
- | |||
- | La solución para solventar este inconveniente en '' | ||
- | |||
- | Por lo tanto, para ejecutar '' | ||
- | |||
- | < | ||
- | module load cadence | ||
- | source / | ||
- | xvfb-run -a -n 80 -s " | ||
- | </ | ||