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| centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2:repositorio [2013/10/01 12:54] – [Instalar/actualizar/desinstalar paquetes Python] diego.rodriguez | centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2:repositorio [2017/03/07 13:46] – [Instalar/actualizar/desinstalar paquetes Python] jorge.suarez |
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| ^ CLUES | [[http://www.grycap.upv.es/clues/es/index.php]] | | ^ CLUES | [[http://www.grycap.upv.es/clues/es/index.php]] | |
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| | ===== Número de procesos MATLAB ===== |
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| | MATLAB emplea internamente, y de manera transparente al usuario, threads para paralelizar ciertas operaciones, por lo que se puede utilizar reservando varios núcleos computacionales dentro de un mismo nodo. Sin embargo, en las versiones instaladas no es posible controlar esta característica, por lo que MATLAB utiliza todos los recursos del nodo asignado, independientemente de los recursos solicitados. Para evitar posibles cancelaciones debido a un uso indebido de los recursos asignados, __se recomienda a los usuarios utilizar el paralelismo implícito de MATLAB solo cuando se reserve en exclusividad un nodo del clúster__. En cualquier otro caso, se recomienda solicitar únicamente un núcleo computacional y utilizar la opción ''-singleCompThread'', que desactiva el paralelismo implícito de MATLAB para realizar una ejecución secuencial. En este ejemplo, el nombre del script es ''test.m''. |
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| | #!/bin/bash |
| | #PBS -l nodes=1:ppn=1,walltime=1:00:00 |
| | #PBS -N ej-MATLAB |
| | cd $PBS_O_WORKDIR |
| | module load matlab |
| | matlab -r test -nodisplay -nojvm -singleCompThread |
| | # -r: indicar el fichero a ejecutar (sin .m) |
| | # IMPORTANTE: incluir la orden quit al final del fichero |
| | # -nodisplay: sin display X. |
| | # -nosplash: sin pantalla inicial (OPCIONAL) |
| | # -nojvm: sin entorno java (OPCIONAL) |
| | # -singleCompThread: ejecuta MATLAB secuencialmente |
| | </code> |
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| ===== Tamaño del heap de JAVA ===== | ===== Tamaño del heap de JAVA ===== |
| ===== Instalar/actualizar/desinstalar paquetes Python ===== | ===== Instalar/actualizar/desinstalar paquetes Python ===== |
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| En principio, es posible instalar cualquier paquete presente en el [[http://pypi.python.org/pypi|índice de paquetes de python]]. A continuación mostramos un ejemplo de [[inv:python:pip|instalación/actualización/desinstalación]] del paquete ''pywavelets'' en el ''$HOME'' de usuario del clúster ''ctcomp2''. Para evitar potenciales problemas, se recomienda realizar la instalación de paquetes en una __sesión //interactiva// en el ''frontend''__. | En principio, es posible instalar cualquier paquete presente en el [[http://pypi.python.org/pypi|índice de paquetes de python]]. A continuación mostramos un ejemplo de [[inv:python:pip|instalación/actualización/desinstalación]] del paquete ''pywavelets'' en el ''$HOME'' de usuario del clúster ''ctcomp2''. Para evitar potenciales problemas, se recomienda realizar la instalación de paquetes en el ''frontend''. |
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| <note important>Si obtenemos un error: | <note important>Si obtenemos un error: |
| Ejecutar el siguiente comando en bash: | Ejecutar el siguiente comando en bash: |
| <code> | <code> |
| pip install --install-option="--user" pywavelets | pip install --user pywavelets |
| </code> | </code> |
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| Ejecutar el siguiente comando en bash: | Ejecutar el siguiente comando en bash: |
| <code> | <code> |
| pip install --upgrade pywavelets | pip install --upgrade --user pywavelets |
| </code> | </code> |
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| Ejecutar el siguiente comando en bash: | Ejecutar el siguiente comando en bash: |
| <code> | <code> |
| pip uninstall pywavelets | pip uninstall --user pywavelets |
| </code> | </code> |
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