Diferenzas
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centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2:repositorio [2013/05/15 12:02] – [Tamaño del heap de JAVA] diego.rodriguez | centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2:repositorio [Unknown date] (actual) – eliminado - edición externa (Unknown date) 127.0.0.1 | ||
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Liña 1: | Liña 1: | ||
- | ===== Repositorio de documentación del clúster HPC ctcomp2 ===== | ||
- | (Volver a la [[centro: | ||
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- | <note important> | ||
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- | ==== Hardware ==== | ||
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- | * 8 servidores blade HP Proliant BL685c G7 | ||
- | * 4x AMD Opteron 6262HE (16 cores, 1.6GHz, 16MB L3) | ||
- | * 2 switches 10Gb dúales: Blade HP 6120xg | ||
- | * (**Exclusivos iSCSI**) 2 switches 1Gb: HP GbE2c Layer 2/3 Ethernet Blade | ||
- | |||
- | |||
- | ^ HP ProLiant BL685c G7 Server Blade | [[http:// | ||
- | ^::: | [[http:// | ||
- | ^::: | [[http:// | ||
- | ^ Procesador AMD Opteron 6262 HE | [[http:// | ||
- | ^ ::: | {{: | ||
- | ^ HP 6120XG Ethernet Blade Switch | [[http:// | ||
- | |||
- | |||
- | ==== Software ==== | ||
- | |||
- | ^ GCC | [[http:// | ||
- | ^ ::: | [[http:// | ||
- | ^ JAVA | [[http:// | ||
- | ^ ::: | [[#Tamaño del heap de JAVA]] | | ||
- | ^ Python | ||
- | ^ ::: | [[# | ||
- | |||
- | ^ MATLAB | ||
- | ^ R | [[http:// | ||
- | ^::: | [[#Instalar paquetes R]]| | ||
- | ^ ACML | [[http:// | ||
- | ^ FFTW | [[http:// | ||
- | |||
- | ^ Open MPI | [[http:// | ||
- | ^ MPICH | [[http:// | ||
- | |||
- | |||
- | |||
- | ==== Software (administración) ==== | ||
- | |||
- | ^ Modules | ||
- | ^ PBS/TORQUE | [[http:// | ||
- | ^ CLUES | [[http:// | ||
- | |||
- | |||
- | ===== Tamaño del heap de JAVA ===== | ||
- | |||
- | En ctcomp2 el tamaño del //heap// de JAVA está limitado al 25% del límite de memoria de la correspondiente cola y, en cualquier caso, con un **tamaño máximo de 8 GB**. Esta limitación garantiza que las aplicaciones JAVA no consuman más recursos de los asignados. | ||
- | |||
- | Los usuarios pueden utilizar otros tamaños de //heap// en sus trabajos si modifican, antes de ejecutar JAVA, el valor de la opción '' | ||
- | < | ||
- | export _JAVA_OPTIONS=-Xmx16777216K | ||
- | </ | ||
- | |||
- | Al modificar el tamaño del //heap// el usuario debe asegurarse, **bajo su responsabilidad**, | ||
- | |||
- | Los usuarios que ejecuten en sus trabajos una sola instancia de java (independientemente de los //threads// que ejecute) podrán establecer sin riesgo el tamaño del //heap// en un valor cercano al límite de memoria de la correspondiente cola. | ||
- | |||
- | |||
- | |||
- | ===== Instalar paquetes R ===== | ||
- | |||
- | Ejemplo de [[inv: | ||
- | |||
- | - Crear un directorio '' | ||
- | mkdir ~/libR | ||
- | </ | ||
- | - Iniciamos una [[centro: | ||
- | qsub -I -q interactive | ||
- | </ | ||
- | - Arrancar el entorno R:< | ||
- | module load R | ||
- | R | ||
- | </ | ||
- | - Ejecutar el siguiente comando dentro de R:< | ||
- | install.packages(" | ||
- | </ | ||
- | - Para usar un paquete instalado en '' | ||
- | library(" | ||
- | </ | ||
- | | ||
- | |||
- | ===== Instalar/ | ||
- | |||
- | En principio, es posible instalar cualquier paquete presente en el [[http:// | ||
- | |||
- | ==== Instalación ==== | ||
- | Ejecutar el siguiente comando en bash: | ||
- | < | ||
- | pip install --install-option=" | ||
- | </ | ||
- | |||
- | ==== Actualización ==== | ||
- | Ejecutar el siguiente comando en bash: | ||
- | < | ||
- | pip install --upgrade pywavelets | ||
- | </ | ||
- | |||
- | ==== Desinstalación ==== | ||
- | Ejecutar el siguiente comando en bash: | ||
- | < | ||
- | pip uninstall pywavelets | ||
- | </ | ||
- | |