Diferenzas

Isto amosa as diferenzas entre a revisión seleccionada e a versión actual da páxina.

--- centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2:quick_reference [2013/06/14 13:24] – diego.rodriguez
+++ centro:servizos:cluster_de_computacion_hpc_ctcomp2:quick_reference [Unknown date] (actual) – eliminado - edición externa (Unknown date) 127.0.0.1
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-===== Guía de referencia del clúster HPC ctcomp2 =====
-<code>
-# Acceso
-ssh -p <port> nome.apelido@ctcomp2.inv.usc.es
-# importar
-scp -p <port> \
-  fich_orixe  \
-  nome.apelido@ctcomp2.inv.usc.es:~/fich_destino
-scp -p <port> -r \
-  dir_orixe      \
-  nome.apelido@ctcomp2.inv.usc.es:~/dir_destino
-# exportar
-scp -p <port>                                  \
-  nome.apelido@ctcomp2.inv.usc.es:~/fich_orixe \
-  fich_destino
-scp -p <port> -r                              \
-  nome.apelido@ctcomp2.inv.usc.es:~/dir_orixe \
-  dir_destino
-</code><code>
-# Gestión de módulos
-module avail
-module list
-module load <module_name>
-module unload <module_name>
-module purge
-</code><code>
-# Compilación GCC
-gcc      -O exemplo.c   -o exe
-g++      -O exemplo.cpp -o exe
-gfortran -O exemplo.f   -o exe
-</code>
-<code>
-# Compilación OpenMP (+GCC)
-gcc      -O -fopenmp exemplo.c   -o exe-omp
-g++      -O -fopenmp exemplo.cpp -o exe-omp
-gfortran -O -fopenmp exemplo.f   -o exe-omp
-</code>
-<code>
-# Compilación OpenMPI (+GCC)
-module load openmpi
-mpicc  -O exemplo.c    -o exe-mpi
-mpicxx -O exemplo.cpp  -o exe-mpi
-mpif77 -O exemplo.f    -o exe-mpi
-</code>
-<code>
-# Manejo de la cola de trabajos
-chmod u+x myjob.sh
-qsub myjob.sh
-qstat
-qstat -q
-pbsnodes
-qdel <job_id>
-qsub -q short myjob.sh
-qsub -q bigmem myjob_64ppn.sh
-qsub -I -q interactive
-</code>
-<code>
-#!/bin/bash
-# --- Ejemplo de configuración PBS --- #
-#PBS -l nodes=1:ppn=1,walltime=1:00:00
-#PBS -N proba-PBS
-#PBS -e mySTD.err
-#PBS -o mySTD.out
-#PBS -m ae -M nome.apelido@usc.es
-cd $PBS_O_WORKDIR
-./executable
-</code>
-<code>
-#!/bin/bash
-# --- Ejemplo de ejecución: nodos Intel M910 --- #
-#PBS -l nodes=1:ppn=1:intel:xeonl,walltime=1:00:00
-cd $PBS_O_WORKDIR
-./executable_intel
-</code>
-<code>
-#!/bin/bash
-# --- Ejemplo de ejecución: nodos Intel M620 --- #
-#PBS -l nodes=1:ppn=1:intel:xeone5,walltime=1:00:00
-cd $PBS_O_WORKDIR
-./executable_intel
-</code>
-<code>
-#!/bin/bash
-# --- Ejemplo de ejecución: nodos AMD --- #
-#PBS -l nodes=1:ppn=1:amd,walltime=1:00:00
-cd $PBS_O_WORKDIR
-./executable_amd
-</code>
-<code>
-#!/bin/bash
-# --- Ejemplo trabajo secuencial --- #
-#PBS -l nodes=1:ppn=4,walltime=1:00:00
-#PBS -N ej-secuencial
-cd $PBS_O_WORKDIR
-(cd dir1; ./exec1) &
-(cd dir2; ./exec2) &
-(cd dir3; ./exec3) &
-(cd dir4; ./exec4) &
-wait
-</code>
-<code>
-#!/bin/bash
-# --- Ejemplo trabajo JAVA --- #
-#PBS -l nodes=1:ppn=64,walltime=1:00:00
-#PBS -N ej-java
-cd $PBS_O_WORKDIR
-export _JAVA_OPTIONS=-Xmx16777216K
-module load java
-java executable
-</code>
-<code>
-#!/bin/bash
-# --- Ejemplo trabajo OpenMP --- #
-#PBS -l nodes=1:ppn=64,walltime=1:00:00
-#PBS -N ej-openmp
-cd $PBS_O_WORKDIR
-export OMP_NUM_THREADS=64
-./executable
-</code>
-<code>
-#!/bin/bash
-# --- Ejemplo trabajo MPI --- #
-#PBS -l nodes=2:ppn=64,walltime=1:00:00
-#PBS -N ej-mpi
-cd $PBS_O_WORKDIR
-module load openmpi
-mpirun -np 128 ./executable
-</code>
-<code>
-#/bin/bash
-# --- Ejemplo trabajo R --- #
-#PBS -l nodes=1:ppn=1,walltime=1:00:00
-#PBS -N ej-R
-cd $PBS_O_WORKDIR
-module load R
-R --no-save < test.R
-</code>
-**MATLAB secuencial:**
-<code>
-#!/bin/bash
-# --- Ejemplo trabajo MATLAB (SECUENCIAL) --- #
-#PBS -l nodes=1:ppn=1,walltime=1:00:00
-#PBS -N ej-MATLAB
-cd $PBS_O_WORKDIR
-module load matlab
-matlab -r test -nodisplay -nosplash -nojvm -singleCompThread
-# -r:         indicar el fichero a ejecutar (sin .m)
-# (!) Incluir la orden quit al final del fichero
-# -nodisplay: sin display X.
-# -nosplash: sin pantalla inicial (OPCIONAL)
-# -nojvm: sin entorno java (OPCIONAL)
-# -singleCompThread: ejecuta MATLAB secuencialmente
-</code>
-**MATLAB paralelo, exclusivo nodos AMD (64 threads implícitos):**
-<code>
-#!/bin/bash
-# --- Ejemplo trabajo MATLAB (PARALELO nodos amd: 64 threads implícitos) --- #
-#PBS -l nodes=1:ppn=64:amd,walltime=1:00:00
-#PBS -N ej-MATLAB
-cd $PBS_O_WORKDIR
-module load matlab
-matlab -r test -nodisplay -nojvm -nosplash
-# -r:         indicar el fichero a ejecutar (sin .m)
-# (!) Incluir la orden quit al final del fichero
-# -nodisplay: sin display X.
-# -nosplash: sin pantalla inicial (OPCIONAL)
-# -nojvm: sin entorno java (OPCIONAL)
-</code>
-**MATLAB paralelo, exclusivo nodos INTEL (32 threads implícitos):**
-<code>
-#!/bin/bash
-# --- Ejemplo trabajo MATLAB (PARALELO nodos intel: 32 threads implícitos) --- #
-#PBS -l nodes=1:ppn=32:intel,walltime=1:00:00
-#PBS -N ej-MATLAB
-cd $PBS_O_WORKDIR
-module load matlab
-matlab -r test -nodisplay -nojvm -nosplash
-# -r:         indicar el fichero a ejecutar (sin .m)
-# (!) Incluir la orden quit al final del fichero
-# -nodisplay: sin display X.
-# -nosplash: sin pantalla inicial (OPCIONAL)
-# -nojvm: sin entorno java (OPCIONAL)
-</code>